Po nalogu ili fermanu sultana Murata III. godine 1766. dokinut je Pećki patrijarhat i najvećim dijelom izravno podvrgnut vlasti ekumenskoga carigradskog patrijarha. Za episkope u srpsko-pravoslavnim eparhijama ili episkopijama carigradski je patrijarh počeo imenovati ljude svoga povjerenja, Grke, koji su prozvani “fanariotima” (prema Fanaru, sjedištu carigradske patrijaršije).
Jedna od rijetkih crkvenih zajednica u kojoj Carigrad nije uspijevao imenovati svoga episkopa bila je cetinjska eparhija ili mitropolija. Od početka Crnogorci nisu priznavali ni sultanova ukaza ili berata ni patrijarhova dekreta imenovanja. Čak su iz svoje sredine uklonili i bivšega srpskog patrijarha Vasilija Jovanovića Brkića (1763.-1765.), koji se, nakon dokidanja Pećkoga patrijarhata, neko vrijeme bio sklonio u Crnu Goru (1767.-69., +1772).
Petar I. Petrović Njegoš – poznat kao sv. Petar Cetinjski – rukopoložen je u Srijemskim Karlovcima 1782. Bio je mitropolit cetinjski skoro 50 godina, do 1830. Umro je na glasu svetosti, pokopan u crkvi Rođenja Presvete Bogorodice na Cetinju, i proglašen je svetiteljem 1834. Spomendan mu je 31. listopada po novom kalendaru. Njegov nasljednik Petar II. (Rade) Petrović Njegoš, pjesnik i crnogorski vladar, zavladičio se 1833. u Petrogradu u Rusiji, i to za arhiepiskopa Crne Gore i Brda (Durmitor). Ruski mu je sinod 1844. podijelio naslov mitropolita, ali on se najčešće potpisivao “vladika crnogorski”.
S obzirom na praktičnu samostalnost, najprije je jedan ruski katalog 1851. godine ubrojio Crnogorsku pravoslavnu Crkvu (CPC) ili mitropoliju u autokefalne Crkve, a potom je nalazimo, na 9. mjestu, i u “Sintagmi”, koja je tiskana u Ateni 1855. po odobrenju Carigradskog patrijarhata i Grčke Crkve.
Na Berlinskom kongresu 1878. Crnoj je Gori priznata državna neovisnost. Značajan nadnevak u povijesti samostalne CPC jest 30. prosinca 1903. godine kada je objavljen “Ustav Svetoga sinoda u Kneževini Crnoj Gori”. Prvi član toga Ustava ističe: “Autokefalna pravoslavna mitropolija u Kneževini Crnoj Gori, kao član jedne, svete, katoličanske i apostolske Crkve, kojoj je pastir i glava Gospodin i Bog naš Isus Krist, čuva i održava jedinstvo i u kanonskim ustanovama sa svima pravoslavnim, autokefalnim Crkvama, i ovo će jedinstvo ona čuvati i održavati dovijeka”. Autokefalnost znači samostalno glavarstvo, neovisnost o drugima u vlastitoj crkvenoj upravi i najviši je oblik crkvene samouprave. Manji je oblik autonomija, gdje se priznaju neki zajednički poslovi i osobe (na primjer patrijarh), a drugo se vodi samostalno. CPC najprije je praktično bila samostalna, a zatim i ustavno autokefalna. Ta se samostalnost još više učvrstila kada je knez Nikola I. Kneževinu Crnu Goru proglasio Kraljevinom 1910. godine. A crkvena samostalnost potrajala je još desetak godina, do 1920., kada je bila priključena obnovljenom Srpskom patrijarhatu sa sjedištem u Beogradu, i tako izgubila samostalnost. Carigrad je priznao Srpski patrijarhat.
